O processo de interiorização da UFF iniciou suas atividades no município de Rio das Ostras em 2003, através de parceria com a Prefeitura local. O inicio dessas atividades ocorreu em 2004 com a abertura dos cursos de: Ciência da Computação, Enfermagem, Serviço Social, e Psicologia; e logo em 2005, passou também a oferecer os cursos de Engenharia de Produção e Produção Cultural. Em 2006, os cursos da área Ciências Humanas, Sociais e de Saúde passaram a compor a Faculdade Federal de Rio das Ostras, como unidade do Polo Universitário de Rio das Ostras. Cabe citar, que em 2005, a parceria entre a UFF e a Prefeitura passou por uma grave crise, ocasionando a paralisação das atividades dos cursos até 2006, quando a UFF recebeu apoio financeiro do MEC para a manutenção das atividades e autorização para a contratação de professores e técnicos administrativos. A partir de então, em 2006, foram elaborados os Regimentos do Polo Universitário de Rio das Ostras e da Faculdade Federal de Rio das Ostras, unidade da UFF responsável pelo Ensino de Graduação, Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão nas áreas de Ciências Humanas, Sociais e de Saúde. Em 2008, a Faculdade Federal de Rio das Ostras passou a denominar-se Instituto de Humanidades e Saúde. A criação do Departamento de Ciência e Tecnologia, em 2007, possibilitou a formação do Instituto de Ciência e Tecnologia de Rio das Ostras, e em 2010, os docentes de Produção Cultural decidiram criar o Departamento de Artes e Estudos Culturais desmembrando-se do antigo Departamento Interdisciplinar, sem prejuízo das ações interdisciplinares, mas concentrados na necessidade de consolidar as ações de ensino e pesquisa em sua área. Por fim, acontece o desmembramento da Psicologia, e dessa maneira, hoje o Instituto é composto por três Departamentos e cinco coordenações. Com o advento do REUNI pelo governo federal em 2011, a UFF pode planejar o crescimento desse antigo polo, que foi então desmembrado em dois institutos: o de Humanidades e Saúde e o de Ciência e Tecnologia.
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