O Instituto de Saúde da Comunidade tem sua origem no Departamento da Saúde da Comunidade, vinculado a Faculdade de Medicina, desde sua criação através da Reforma Universitária de 1968. Durante a década de 1970, o departamento atuava junto às populações periféricas de Niterói, com foco em um trabalho interinstitucional, relacionado à assistência em saúde e ao apoio ao movimento popular organizado. O Departamento também participou do Programa de Integração Docente Assistencial em Saúde (PIDAS) que foi implantado, em 1981, envolvendo vários departamentos da Faculdade de Medicina e outras unidades de ensino da UFF, como a Enfermagem, o Serviço Social e a Nutrição. O PIDAS atuava junto a algumas comunidades e unidades de saúde de Niterói e São Gonçalo, servindo de base para o desenvolvimento de novas metodologias de ensino articuladas às demandas locais e ao desenvolvimento de um trabalho inter setorial com outras áreas de conhecimento, como a Engenharia e a Educação; para além de estar aliado ao movimento sanitário que vinha sendo realizado em Niterói. No final da década de 1980, vários desses profissionais atuariam na recém criada Fundação Municipal de Saúde (FMS), colaborando na gestão do SUS–Niterói. Nesse período, a atuação da UFF ficou mais concentrada no Distrito Sanitário Norte, conhecido como um Distrito Docente Assistencial. Essa experiência favoreceu a construção das referências para a implantação do novo sistema de saúde de Niterói em consonância com os parâmetros da reforma sanitária brasileira, viabilizadas através de estratégias baseadas no trinômio: Universidade - Serviços de Saúde - Movimentos Sociais. Assim, em 1992, diante de uma conjuntura favorável às mudanças curriculares, que vinham sendo gestadas desde o final dos anos 1970, foram formuladas as políticas de saúde no âmbito municipal e as práticas pedagógicas, que também consideravam os movimentos sociais de Niterói. O Instituto de Saúde da Comunidade foi inaugurado em 1996 com quatro departamentos, que participam da formação de profissionais dos seguintes cursos de graduação: biomedicina, enfermagem, engenharia agrícola e ambiental e engenharia de recursos hídricos e meio ambiente, farmácia, medicina, nutrição, odontologia, psicologia, veterinária, nos campi de Niterói; e enfermagem e psicologia, nos campi de Rio das Ostras, embora não oferecessem qualquer curso de graduação específico. Atualmente se denomina Instituto da Saúde Coletiva, e também atuam nos programas de pós-graduação stricto sensu em Saúde Coletiva (mestrado), em Bioética, Ética Aplicada e Saúde Coletiva (mestrado e doutorado), numa associação entre a Universidade Federal do Rio de Janeiro, Fundação Oswaldo Cruz e Universidade do Estado do Rio de Janeiro.
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