Foi criado pelo decreto 62.414, através das diretrizes definidas pela Reforma Universitária, implantada nas universidades públicas brasileiras, em 1968. O Instituto iniciou suas atividades contando com dois departamentos: o de Geografia, que pertencia à antiga Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras (FFCL) desde 1963; e o Departamento de Cartografia, criado nesse mesmo ano de 1968, posteriormente denominado Departamento de Análise Geoambiental. O curso de Geografia teve início na unidade fundadora da UFF, a Faculdade Fluminense de Filosofia, em 1947, obtendo seu reconhecimento em 1951. O Departamento de Geologia e Geofísica, que também passou a integrar a estrutura departamental do instituto, foi criado posteriormente, em 1984. Outro destaque no percurso do Instituto de Geociências da UFF foi, sem dúvida, a vinda para a UFF, em 1984, de professores e do respectivo Laboratório de Geologia Marinha (Lagemar), que havia sido instalado na UFRJ em 1969. O Lagemar iniciou suas atividades com a finalidade de realizar pesquisas em navios e no oceano profundo no litoral brasileiro e constitui-se como referência em sua área. O mesmo incentivava a exploração da discussão sobre os oceanos e sobre a Teoria Tectônica das Placas, e contou com o apoio das Nações Unidas (ONU), desde seu início.
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