A Faculdade de Farmácia e Odontologia do Estado do Rio de Janeiro sofreu modificações significativas a partir da incorporação à recém-criada Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro (Uferj). O curso de Farmácia tornou-se autônomo, enquanto o curso de Odontologia fundiu-se com a Escola de Odontologia, anexa a Faculdade Fluminense de Medicina. Após a separação, cada uma das unidades estabeleceu novos rumos, ocupando espaços diferentes na cidade. O curso de Farmácia se organizou em um prédio comprado pela UFERJ do Glaxo em 1966, no bairro Santa Rosa, onde se encontra até os dias atuais; enquanto o curso Odontologia se estabeleceu no campus do Valonguinho, ocupando o prédio da Policlínica da Faculdade de medicina, onde também permanece até os dias de hoje.