A Faculdade de Farmácia e Odontologia do Estado do Rio de Janeiro enfrentou várias mudanças durante a década de 1930, a começar por sua breve união à Faculdade Fluminense de Medicina. Uma nova reorganização acontece em 1931, tornando-a um instituto livre particular, inspecionado pelo Conselho Nacional de Educação. Quatro anos mais tarde seria incorporada ao patrimônio do Estado. Ressalta-se que importantes nomes ingressaram em seus quadros durante esse período, como Durval de Almeida Baptista Pereira, Francisco Leite Bittencourt Sampaio Netto, Luiz Affonso de Faria, Samuel da Silva Pereira, Fernando Pinheiro de Souza Tavares, Ermiro Estevam de Lima e os irmãos Eurico e Juruena de Mattos. Os primeiros concursos para docentes começaram a partir de 1936, mas um novo decreto-lei de 1937 passou a exigir a opção daqueles professores por um único cargo público. Como forma de evitar novas substituições em seu corpo docente, a faculdade decidiu pelo desligamento do patrimônio do Estado, voltando à condição de instituição livre. Seus cursos foram oficialmente reconhecidos em 5 de abril de 1945.